مولدش هرات است و چون پدرش معمار بود بنابر آن این تخلص اختیار کرد ذاتش در اصل چون قابل افتاده بود در اوایل جوانی روی توجه بجانب کسب کمالات آورده بی تکلف در اکثر فنون گوی مسابقت از اقران ربود . و بنیان فضایلش صفت کانهم بیناین مرصوص پیدا کرد از خبر مبرور امیر غیاث الدین منصور منقول است که میفرموده : « ملا بنایی ملای شاعران و شاعر ملایان است » و در تصوف و خوشنویسی و خوشخوانی مشهور و در علم موسیقی و ادوار که از اقسام ریاضی است رسایل دارد و ظرافت طبعش بمرتبه ای بود که نسبت بامیر علیشیر که نزاکت مزاجش از آن مشهور تر است که احتیاج به تعریف داشته باشد سخنانی ظرافت آمیز میگفتند از جمله آنکه روزی بدکان پالان دوزی رفته و گفته که پالان امیر علیشیری میخواهم . این سخن بامیر علیشیر رسیده با او سوء مزاجی پیدا کرده چنانکه در وطن اصلی خود نتوانست بود روی بعراق آورد و در خدمت سلطان یعقوب اندک اندک ترقی کرده کتاب بهرام و بهروز را بنام پادشاه مذکور گفت و چون یوسف بیک برادر سلطان یعقوب نیز مقارن این حال ارتحال یافته بوده و در آن واقعه این بیت گفته :
بعد از اندک زمانی حب وطن او را بجانب هرات کشید و دیگر باره امور ناملایم از او سر میزد و در این نوبت امیر علیشیر بیشتر از پیشتر رنجیده کار بجایی رسید که پروانه قتلش حاصل کرد از جمله رنجش آنکه چون میر بنابر عدم توجه بجانب تأهل به عنیت اشتهار یافته بود و مولانا قصیده ای در مدح او گفته صله ای چنانکه مطبوع او بود باو نرسید بناء علیه آن قصیده را باسم سلطان احمد میرزا قوم سلطان حسین میرزا کرده باو گذرانید . این معنی مسموع میر شد نسبت به مولانا در مقام کلفت شدند.
مولانا این قطعه بجهت تلافی سرود و بخدمت میر فرستاد .
هر یکی را به شوهری دادم
آنکه کابین نداد و عنین بود
چون اقامت نتوانست کرد لاجرم جلا نموده بطرف ماوراءالنهر رفت و در خدمت سلطان علی میرزا ولد سلطان احمد میرزا پسر سلطان ابوسعید که در آنوقت والی ماوراءالنهر بود راه ندیمی یافته در آنجا قصیده ی مجمع الغرایب که بزبان مروی است در سلک نظم کشیده این دو بیت از آنجاست :
زوگرفتم بدیگری دادم
زانکه لازال نافذان این بود
حکم عالی پادشاه زمان
خسرو ملک ماوراءالنهر
تا آنکه محمد شیبانی بر آن ولایت دست یافت و مولانا بنایی در درگاه خانی منصب ملک الشعرایی یافته همراه او متوجه خراسان شد و امور نا مرضیه از او درهرات ظاهر گشت از جمله آنکه مال شاعری را بمردم حواله کرد بعد از آنکه صاحبقران مغفور بر خان اوزبک استیلا یافت او در قرشی ماوراءالنهر بود تا آنکه میر نجم ثانی که اعظم دستور صاحبقران مغفور بود بر آن ولایت دست یافت بقتل عام فرمان داد. بنای حیات بنایی را نیز در آن واقعه بانهدام رسانیدند و کان فی الشهور سنه ثمن و عشر و تسعمایه. از اشعار مولانا بنایی دیوان غزل مشهور است و غزلی چند دیگر در تتبع خواجه حافظ بتخلص حالی گفته و قصاید خوب هم دارد . این چند بیت از جمله اشعار اوست :
چو چشم یار سیه کرد روزگار مرا
گلستانیست خرم دیده ام از عکس رخسارش
ز مژگان خارها بگرفته بر اطراف دیوارش
کنم غوغا بهر بیگانه کاندر کوی او بینم
که تا آید برون بهر تماشا، روی او بینم
نه از خون جگر مژگان من بر یکدیگر بسته
که بی او مردم چشمم بروی غیر در بسته
تعالی الله چه گلزاریست رخسار عرقناکش
که آب از چشمه خورشید داده ایزد پاکش
خواهم غبار گردم از کوی او برآیم
این رباعی نیز از اوست :
شیرین منشان شهوت انگیز کجا
با بوالهوسان نسبت عشاق مکن
این دو مطلع هم ازوست :
یعقوب کجا، خسرو پرویز کجا
در دل آرم هر زمان کان مه دل آرای منست
خاطری خوش میکنم، او را چه پروای منست
ز بد خویی چنان بیگانه شد آن بیوفا با من